Úlohou veliteľstva je riadiť útvary z portfólia Síl pre špeciálne operácie a zabezpečiť im podmienky pre plnenie všetkých operačných úloh. Veliteľstvo Síl pre špeciálne operácie zohráva rozhodujúcu úlohu v rámci obrany štátu i podporných operácií na zahraničných misiách. Špeciálne jednotky vykonávajú širokú škálu náročných operácií, od boja proti terorizmu až po poskytovanie pomoci v prípade humanitárnych kríz. Ich vysoká odborná pripravenosť, flexibilita a schopnosť pracovať v extrémnych podmienkach sú neoceniteľné pre zabezpečenie mieru a stability.
Sily pre špeciálne operácie (SŠO) sú súčasťou ozbrojených síl Slovenskej republiky , určené sily aktívneho alebo záložného komponentu vo vojenskej službe krajiny špecificky organizované, vycvičené a vybavené na vedenie a podporu špeciálnych operácií s dôrazom na vedenie nekonvenčnej bojovej činnosti. Slovenské sily pre špeciálne operácie sú dlhodobo etablované v komunite NATO SOF (Special Operation Forces) jednotiek ako rovnocenný a rešpektovaný partner.V rámci týchto kľúčových operácií alebo samostatne môžu vykonávať nasledovné kľúčové aktivity: vojenská asistencia, špeciálny prieskum, priama akcia, civilno-vojenská spolupráca, psychologické operácie, kybernetické operácie, informačné operácie, príprava prostredia, operácie na záchranu rukojemníkov (v neprístupnom priestore a v utajenom móde), zabránenie v použití ZHN alebo ofenzívne opatrenia proti ZHN, udržateľnosť síl pre špeciálne operácie.
Hlavné úlohy: Hlavnou úlohou SŠO je byť schopný viesť nasledovné typy operácií:
- nekonvenčná bojová činnosť,
- civilno-vojenská asistencia zahraničnému partnerovi,
- operácie proti povstaniu,
- protiteroristické operácie,
- boj proti zbraniam hromadného ničenia (ZHN),
- stabilizačné operácie,
- podpora hlavných bojových operácií.