I cez veľké reorganizačné zmeny sa vojenské zdravotníctvo môže popýšiť novodobou históriou a úspechmi v zahraničných misiách. Historicky prvým náčelníkom bol na Zdravotníckej správe Veliteľstva Armády SR v dobe od 1.1.1993 do 31.8.1994 a na Zdravotníckej správe Generálneho štábu Armády SR v dobe od 1.9.1994 do 31.12.1999 plk. MUDr. Stanislav PIROŠÍK.
Na Ministerstve obrany SR v dobe od 1.1.1993 do 31.12.1993 nebol vytvorený žiadny zdravotnícky prvok.
V dobe od 1.1.1994 do 31.8.1994 bol na MO SR vytvorený Zdravotnícky odbor SEĽUZ (sekcia ľudských zdrojov) a jeho riaditeľom bol ustanovený plk. MUDr. Stanislav PIROŠÍK. V dobe od 1.9.1994 do 31.1.1995 opäť nebol na MO SR vytvorený žiadny zdravotnícky prvok.
V dobe od 1.2.1995 do 28.2.1999 bol na MO SR vytvorený Odbor zdravotníckej a psycho-logickej starostlivosti Sekcie rozvoja a zabezpečenia ľudských zdrojov a jeho riaditeľom bol ustanovený plk. MUDr. Juraj MITURA.
V dobe od 1.3.1999 do 31.12.1999 bolo na MO SR vytvorené Oddelenie telovýchovy
a zdravotníctva Odboru výkonu štátnej správy ÚMO SR a jeho vedúcim bol ustanovený
plk. MUDr. Ján KUPČO.
Historicky druhým veliteľom (náčelníkom) vo vojenskom zdravotníctve bol na Štábe vojenského zdravotníctva GŠ Armády SR v dobe od 1.1.2000 do 31.9.2001 a na Odbore riadenia vojenského zdravotníctva SÚMO SR v dobe od 1.10.2001 do 31.7.2004 genmjr. MUDr. Igor ČOMBOR.
Historicky ďalším veliteľom (riaditeľom) bol na Úrade vojenského zdravotníctva MO SR Bratislava v dobe od 1.8.2004 do 30.6.2006 a na Veliteľstve vojenského zdravotníctva Ružomberok GŠ OS SR v dobe od 1.7.2006 do 31.12.2007 plk. MUDr. Richard KOZÁR, MPH.